继户田胜隆之后，1595年，丰臣秀吉的重臣，藤堂高虎就从板岛（现在的宇和岛）来到了大津（现在的大洲），之后，1609年，自淡路国州本城入城的腋坂安治继承了藤堂高虎。

从大洲城到近代城的改造，被认为是藤堂氏到腋坂氏时代过渡的一个象征。

现在一般都认为，街道区划等近代城下的基础是由藤堂氏建立，现在已复原的大洲城瞭望台的兴建是由腋坂氏开始的。

继腋坂氏之后，1617年，加藤贞泰从米子转封来到了大津。此后直到明治维新12代，250多年大洲都是在加藤氏的统治之下。

日本的阳明学鼻祖，儒家学者近江圣人，中江藤树先生也在10岁时跟随加藤贞泰移居到大洲，直到27岁在大洲生活，学习，教门人《大学》。藤树先生的关于“人之道”的说教，至今仍深深刻印在大洲人们的心中。